Ban Dân tộc và Miền núi tỉnh An Giang được thành lập theo Quyết định số 2609/QĐ-UB-TC ngày 11/11/1999 của Ủy ban nhân dân tỉnh An Giang với nhiệm vụ là tổ chức tham mưu giúp Ủy ban nhân dân tỉnh về công tác dân tộc và miền núi. Ban Dân tộc và Miền núi tỉnh lúc đó chỉ có 01 Phó Trưởng ban, trụ sở đặt trong Ủy ban nhân dân tỉnh An Giang.
Năm 2000 - 2003, Ban có 01 Trưởng ban, 03 Phó Trưởng Ban và 02 chuyên viên.
Năm 2004, thực hiện Nghị định số 53/2004/NĐ-CP ngày 18/02/2004 của Chính phủ về kiện toàn tổ chức bộ máy làm công tác dân tộc thuộc Ủy ban nhân dân các cấp; Thông tư liên tịch số 246/2004/TTLT-UBDT-BNV ngày 06/5/2004 của Ủy ban Dân tộc và Bộ Nội vụ hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức cơ quan chuyên môn giúp Ủy ban nhân dân quản lý nhà nước về công tác dân tộc ở địa phương; Ủy ban nhân tỉnh đã ra Quyết định số 958/QĐ.UB.NV ngày 07/6/2004 đổi tên Ban Dân tộc và Miền núi tỉnh An Giang thành Ban Dân tộc tỉnh An Giang; đồng thời ban hành Quy chế tổ chức và hoạt động của Ban, nâng cao vị thế của Ban lên ngang tầm với các sở, ban, ngành khác trong tỉnh.
Về cơ cấu tổ chức có: Lãnh đạo Ban (gồm Trưởng Ban và 03 Phó Trưởng Ban); lập 02 phòng chuyên môn là Phòng Hành chính - Tổ chức - Tổng hợp và Phòng Nghiệp vụ. Biên chế năm 2004 được giao là 09 người.
Năm 2005, thực hiện Nghị định số 172/2004/NĐ-CP ngày 29/9/2004 của Thủ tướng Chính phủ Quy định tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân huyện, quận, thành phố trực thuộc tỉnh; đồng thời căn cứ tình hình thực tiễn của địa phương, Ủy ban nhân dân tỉnh ra quyết định thành lập Phòng Tôn giáo - Dân tộc tại các huyện, thị xã, thành phố (gọi tắt là cấp huyện) trong toàn tỉnh. Biên chế bình quân là 03 người, Phòng Tôn giáo - Dân tộc là cơ quan chuyên môn trực thuộc Ủy ban nhân dân cấp huyện, đồng thời chịu sự quản lý về ngành dọc của Ban Tôn giáo và Ban Dân tộc tỉnh, các phòng đã phát huy vai trò tham mưu giúp Ủy ban nhân dân cấp huyện quản lý và thực hiện tốt chính sách tôn giáo, dân tộc trên địa bàn.
Số lượng biên chế Ban Dân tộc được phân bổ là 15 người.
Năm 2008, Chính phủ ban hành Nghị định số 14/2008/NĐ-CP ngày 02/02/2008 quy định tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc UBND huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh, theo đó, Phòng Tôn giáo - Dân tộc sáp nhập vào Văn phòng Ủy ban nhân dân cấp huyện, phân công 01 Phó Chánh Văn phòng và 01 chuyên viên Văn phòng Ủy ban nhân dân huyện phụ trách công tác dân tộc.
Năm 2010, thực hiện Nghị định số 12/2010/NĐ-CP ngày 26/02/2010 của Chính phủ về sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 14/2008/NĐ-CP ngày 02/02/2008 của Chính phủ, trong đó, quy định những huyện có 2 tiêu chí (huyện giáp biên giới, huyện có đông đồng bào dân tộc trên 5.000 khẩu) sẽ thành lập phòng dân tộc. Năm 2011, An Giang thành lập 07 phòng dân tộc tại 07 huyện, thị xã, đó là các huyện Tri Tôn, Tịnh Biên, An Phú, Châu Thành, Thoại Sơn và 02 thị xã Tân Châu và Châu Đốc (nay là thành phố Châu Đốc). Mỗi phòng dân tộc có khoảng 03 biên chế. Từ khi thành lập lại các phòng dân tộc, đã góp phần tích cực giúp Ban triển khai tốt các chính sách dân tộc và phản ánh kịp thời tình hình dân tộc thiểu số tại địa phương.
Cơ cấu tổ chức của Ban có: Lãnh đạo Ban (Trưởng ban và 02 Phó Trưởng ban); 02 phòng trực thuộc Ban (Phòng Hành chính - Tổ chức - Tổng hợp, Phòng Nghiệp vụ).
Năm 2013, Ủy ban nhân dân tỉnh ban hành Quyết định số 1532/2015/QĐ-UBND ngày 16/7/2013 Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Ban Dân tộc tỉnh An Giang.
Cơ cấu tổ chức của Ban có: Lãnh đạo Ban gồm Trưởng ban và 02 Phó Trưởng ban; 03 phòng trực thuộc Ban gồm Văn phòng (Phòng Hành chính - Tổ chức - Tổng hợp đổi tên thành Văn phòng), Phòng Nghiệp vụ và Thanh tra.
Năm 2015, căn cứ Thông tư liên tịch số 07/2014/TTLT-UBDT-BNV ngày 22/12/2014 của Ủy ban Dân tộc - Bộ Nội vụ về việc hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của cơ quan chuyên môn về công tác dân tộc thuộc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, cấp huyện; UBND tỉnh ban hành Quyết định số 37/2015/QĐ-UBND ngày 09/11/2015 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Ban Dân tộc tỉnh An Giang, trong đó, cơ cấu tổ chức của Ban gồm 05 phòng trực thuộc: Văn phòng; Thanh tra; Phòng Chính sách Dân tộc; Phòng Kế hoạch Tổng hợp, Phòng Tuyên truyền và Địa bàn.
Nhân sự của Ban là 16 người.
Từ năm 2012 - 2016, biên chế của Ban được phân bổ là 17 người.
Năm 2017, công trình xây dựng trụ sở mới cho Ban Dân tộc đã sắp hoàn thành. Ban đề nghị bổ sung thêm nhân sự và được Ủy ban nhân dân tỉnh phân bổ thêm 03 hợp đồng lao động theo Nghị định số 68/2000/NĐ-CP của Chính phủ. Tổng số nhân sự trong cơ quan là 21 người (gồm 17 biên chế, 04 hợp đồng lao động theo Nghị định 68).
Năm 2018, Ban Dân tộc từ trong UBND tỉnh An Giang dời về trụ sở mới tại địa chỉ số 87, đường Trần Quang Diệu, phường Mỹ Hòa, thành phố Long Xuyên, tỉnh An Giang.
Tổng số biên chế công chức và hợp đồng trong cơ quan được phân bổ là 21 người (gồm 16 biên chế, 05 hợp đồng lao động theo Nghị định 68).
Từ năm 2020, thực hiện Quyết định số 1376/QĐ-UBND ngày 07/6/2019 của Ủy ban nhân dân tỉnh đã ban hành về việc phê duyệt Đề án sắp xếp, tinh gọn tổ chức bộ máy Ban Dân tộc; căn cứ Quyết định số 72/2019/QĐ-UBND ngày 23/12/2019 của Ủy ban nhân dân tỉnh An Giang về sửa đổi, bổ sung một số điều của Quy định ban hành kèm theo Quyết định số 37/2015/QĐ-UBND ngày 09/11/2015 của Ủy ban nhân dân tỉnh An Giang, qua đó, cơ cấu tổ chức của Ban Dân tộc từ 05 phòng chuyên môn giảm còn 03 phòng. Các phòng trực thuộc Ban hiện có là: Văn phòng, Phòng Chính sách Dân tộc và Thanh tra.
Tổng số biên chế công chức và hợp đồng trong cơ quan được phân bổ trong năm 2020 là 20 người (gồm 15 biên chế, 05 hợp đồng lao động theo Nghị định 68).
